Au fil du temps, l’Église qu’entrevoyait Marie à son arrivée a connu de graves difficultés.

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Lettre du 6 septembre 1661 :

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Lorsque nous sommes arrivez en ce pays, tout était si rempli, qu'il semblait aller croître en un peuple innombrable; mais après qu'ils ont été baptisez Dieu les a appelés à soi, ou par des maladies, ou par la main des Iroquois: C'est peut-être son dessein de permettre leur mort de peur que la malice ne changeât leur cœur. Il y en a pourtant encore un grand nombre, mais c'est peu en comparaison de ce qui était, car de vingt à peine en est-il resté un.

 

Peu de temps avant sa mort, elle rend compte de l’état de l’Église de Nouvelle-France à l’archevêque de Tours.

 

Lettre du 25 septembre 1670:

 

Quant au commun du pays ; je vous dirai, Monseigneur, que cette nouvelle Église fait tous les jours de nouveaux progrès, par le grand zèle, et par les fatigues continuelles des Révérends Pères jésuites qui sont répandus dans tous les endroits de cette Amérique Septentrionale. La Colonie Françoise s'augmente aussi tous les jours, et ces grands bois qui n'étaient habitez que de bêtes Sauvages, commencent à se peupler de Chrétiens. Cette grande multiplication d'hommes et de fidèles augmente aussi nos charges et notre travail. Nous avons été obligées d'accroître nos classes, et Monseigneur notre Prélat a pris la peine d'écrire en France qu'on nous envoie deux Religieuses pour nous donner du secours.

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